共聚焦显微镜与现代显微镜两者相比，具高高分辨率、高灵敏度、高放大和缩小率等特点。与此同时软件开发和应用技术的完善，共聚焦显微镜已拥有形态学、分子细胞生物学、神经科学、药理学、遗传学等领域中新代强有力的研究工具。
共聚焦显微镜的样品制备
共聚焦显微镜样品制备是检测前的关键步骤。样品需经荧光探剂标记(单标、双标、三标)。
标本也可以是固定不动的或活的组织，也是可以是且固定的或活的贴壁培养，细胞应培养训练在confocal清洁液小培养皿或盖玻片上，悬浮细胞，甩片或滴片后，用盖玻片封片。样品的zda厚度约1~2mm，在用的盖玻片厚度应大于00.17mm，载玻片厚度应在0.8~1.2mm之间，而且表面光洁，厚度一致，没有明显的干扰荧光。单独计算样品具体用法封片剂接受封片，具体方法ph8.5-9的pbs配制方法的甘油封片。
查看样品制备要求：
1、染料的选择
导致共聚焦显微镜是以每种波长的激光充当光源，并且在选择荧光染料时要依据什么共聚焦显微镜配备完善的激光器波长选择，要是在同一样品中有多种荧光染料标记，的要确定它们的发射波长最好不要最好不要拼合，尽量减少串色问题。
2、样品支撑起物的选择
像是的共聚焦显微镜近摄物镜均为油镜，它的数值孔径较小，具体的要求镜头与样品之间的工作距离不为00.17mm，所以如果不是仔细的观察样品为贴壁细胞或组织切片，可以不用普通的载玻片和盖玻片即可解决。假如是悬浮细胞或悬浮粒子，可以用共聚焦显微镜清洁液的培养皿唤起样品通过观察。
3、封片剂的选择
假如样品只要观测四次因此不是极其容易淬灭的荧光，是可以选用比较一定浓度的甘油混合液封片再试一下。如果没有样品是需要储放太久并过拍摄，应选用比较抗荧光淬灭的封片剂，以增加荧光信号全部丢失。
共聚焦显微镜的操作步骤
①根据荧光探针的增强波长和发射波长，你选最合适的激光器、激光功率，分光镜滤片和连续发射滤片。
②确认扫描仪点、线、面、三维扫描。
③考虑扫描密度(分辨率):256×256、512×512、1024×1024、2048×2048，分辨率越高，扫描速度越慢，图像信噪比越好，但也越很难不可能发生光漂白。
④筛选共聚焦显微镜物镜的倍数及电子放大倍数:这个条件被可以确定后，扫描后范围即被确认，物镜的光透射率与数值孔径(na)的4次方成正比，与物镜的放大倍数的平方成反比，所以，应注意你选高数值孔径的物镜。
⑤依据什么样品的制备质量中,选择比较好的针孔大小，
有所谓混叠，即低于采样频率一半的高频信号信号被映射到信号的低频部分，与重新组合低频信号附加，对信号的完整性和准确性产生影响。
在视频信号处理过程中，有两种方法也可以永久消除混叠现象。一是直接能提高采样频率，以完成更高的尼奎斯特频率，可是采样频率又不能无尽的增强；二是在采样频率固定的情况下，可是从低通滤波器永久消除大于0尼奎斯特频率的高频信号信号，最大限度地消除混叠现象。
